Средната надморска височина на Рила е 1487 м, а общата площ - 2629 км2. Тя е най-високата планина в Балканския Полуостров
- с връх Мусала (2925 m). По-голямата част от високите върхове (2 500 - 2 700 метра надморска височина) имат алпийски изглед. Типичен пример за това е Мальовица. Останалата част, най-вече в източна Рила представляват високопланински ливади.
Рила е съставена предимно от гранит и гнайс, смесени със стари кристални шисти и са част от Рило-Родопския масив - най-старата земна част в района. Образуването ѝ започва през Палеозойската ера и впоследствие при многобройни издигания през периода Терциер. В резултат на ледниковия период през Плейстоцена са образувани днешните алпийски форми с назъбени върхове, циркуси, дълбоки долини и обширни морени. Езерата на Рила са най-забележителното завещание от ледниковия период, като почти 190 от тях са разпръснати из планината а Леденото езеро (2709 м), в северната част на връх Мусала е сред най-високите ледникови езера на Балканския полуостров (второ след Горното Полежанско езеро в Пирин).